- 幸福の科学 東京都品川区
- 創価学会 東京都新宿区信濃町
- 霊友会 東京都港区麻布台
- 立正佼成会 東京都杉並区和田
- 顕正会 埼玉県さいたま市大宮区寿能町、東京都板橋区常盤台
- 出雲大社教 島根県出雲市大社町
- 天理教 奈良県天理市
- 佛所護念会教団 東京都港区白金台
- 真如苑 東京都立川市柴崎町
- 霊波之光 千葉県野田市山崎
- 大山ねずの命神示教会 神奈川県横浜市南区
- 崇教真光 岐阜県高山市上岡本町
- 妙智会教団 東京都渋谷区代々木
- パーフェクトリバティー教団（PL教団） 大阪府富田林市
- 世界救世教 静岡県熱海市桃山町
- 世界平和統一家庭連合（統一教会） 韓国ソウル市、東京都渋谷区松濤（日本本部）
- 念法眞教 大阪府大阪市鶴見区
- 白光真宏会 静岡県富士宮市
- 天照皇大神宮教 山口県熊毛郡田布施町
- 円応教 兵庫県丹波市
- 生長の家 山梨県北杜市大泉町
- 金光教 岡山県浅口市金光町
- 阿含宗 京都市山科区北花山
- 神慈秀明会 京都府京都市左京区
- ほんみち 大阪府高石市
- 浄土真宗親鸞会 富山県射水市
- 黒住教 岡山県岡山市北区尾上神道山
- 中山身語正宗 佐賀県三養基郡基山町
- 世界真光文明教団 静岡県伊豆市
- エホバの証人 神奈川県海老名市中新田（日本国内）
- 大本 京都府亀岡市
- 岡田茂吉研究所（旧：天聖真美会） 広島県廿日市
- 善隣教 福岡県筑紫野市原田
- 孝道教団（孝道山） 神奈川県横浜市神奈川区
- 末日聖徒イエス・キリスト教会（モルモン教） 東京都港区南麻布
- 神習教 東京都世田谷区
- 大和教団 宮城県仙台
- 解脱会 東京都新宿区
- ワールドメイト 静岡県伊豆の国市
- 救世主教 大分県別府市
- 辯天宗 大阪府茨木市
- GLA 東京都台東区雷門
- 神霊教 東京都港区
- 天祖光教 愛知県名古屋市守山区
- キリストの幕屋 東京都世田谷区（熊本県熊本市）
- 一燈園 京都市山科区
- かむながらのみち 神奈川県横浜市磯子区
- 阿吽阿教団 東京都港区
- 平等大慧会 広島県広島市
- 六水院（肥後修験遍照院） 熊本県熊本市
- 不二阿祖山太神宮 山梨県富士吉田市
- 救いの光教団 東京都世田谷区
- ミロクコミュニティ救世神教 三重県津市
- サイエントロジー 東京都新宿区大久保（日本の本部）
- 新天地イエス教 韓国京畿道果川市
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新宗教団体・本部所在地一覧